Chrome OSの基本的な知識だけどシェルフからブラウザのタブで起動するか独立したウィンドウで起動するか選択することが出来ます。
シェルフやランチャーから起動したいアイコンを右クリック(というか2本指タップ)して出てきたメニューの「ウィンドウとして開く」をチェックすれば独立したウィンドウでリンクを開くことが出来ます。
独立したウィンドウで開くことでドキュメントやスプレッドシートをブラウザ内であることを意識することなく外見上は独立したアプリケーションのように使うことが出来ます。
(ブラウザのタブやツールバーを気にせず作業に集中出来ます。)